Nos offres d’emploi

L’Institut de Myologie 

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble.

Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

En savoir + : https://www.institut-myologie.org/qui-sommes-nous/

Contexte et Finalité du poste 

L’Association Institut de Myologie, recrute un Chargé de Communication (H/F) en alternance pour participer aux activités et au suivi des opérations de communication interne/externe.

Vous êtes en formation de Master 1 ou 2 en école de communication/journalisme ou à l’université spécialisée en communication et souhaitez développer vos compétences pour valider votre alternance ?

Si vous êtes passionné par la communication et que vous souhaitez faire partie d’une équipe dynamique et innovante, nous vous invitons à postuler. Rejoignez-nous et contribuez à façonner l’avenir de la recherche sur les maladies neuromusculaires.

Sous la supervision de la Responsable Communication, et en collaboration avec l’ensemble des pôles de l’Institut, vous participerez aux activités du service et aux différentes opérations de communication sur l’année. Vous contribuerez à alimenter les outils de communication internes (intranet, newsletter…) et externes (site web, réseaux sociaux, documentations…) et co-organiserez des événements (internes et externes).

Les missions principales 

• Participer à la préparation et l’envoi de newsletters d’information interne (comités éditoriaux, calendrier édito, rédaction de contenus, création de la newsletter et envoi).
• Assurer la veille des contenus scientifiques de notre communauté sur les réseaux sociaux, proposer des contenus et participer à la rédaction de posts pour nos comptes Bluesky, X et LinkedIn.
• Créer des contenus graphiques pour notre site web, nos réseaux sociaux, nos événements (visuels, bannières, affiches…).
• Assurer le suivi de la revue de presse et préparer la sélection d’articles à mettre en ligne sur l’intranet.
• Participer à la préparation et l’organisation des sessions d’accueil pour les nouveaux arrivants en collaboration avec le service RH.
• Participer à la préparation et au déroulement d’événements internes (réunions du personnel, animations pour le Téléthon…) et externes (visites de l’Institut, congrès, séminaires, journées portes ouvertes, Semaine du Muscle…)
• Participer à la rédaction de documents internes (articles, présentations PowerPoint, bilans, procédures et documents qualité…)

Profil et Compétences

De formation Master 1 ou 2, en école de communication/journalisme ou université spécialisée en communication.

➣ Savoir-Être

• Aisance relationnelle et rédactionnelle
• Rigueur et sens de l’organisation
• Dynamisme, créativité et proactivité

➣ Savoir-Faire

• Bonne maîtrise du Pack Office (Word, Excel, PowerPoint) et des outils Adobe et Canva
• Appétence pour les outils digitaux (une connaissance de WordPress et de l’environnement SharePoint serait un +)
• Connaissance ou forte appétence souhaitée pour le domaine de la santé/recherche
• Bon niveau d’anglais

Poste basé à l’Hôpital Pitié – Salpêtrière (Paris 13e) et à pourvoir dès que possible en contrat en alternance de 12 mois.

 

Possibilité de bénéficier de chèques déjeuner et d’une mutuelle avec une prise en charge de l’employeur.

 

Merci d’adresser par mail votre dossier de candidature (CV + lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

Télécharger l’annonce de Chargé de communication en alternance (H/F)

L’Institut de Myologie

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble. Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

En savoir + : https://www.institut-myologie.org/qui-sommes-nous/

Contexte et Finalité du poste

Ce poste est ouvert au sein du laboratoire d’imagerie et de spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN), rattaché au Centre d’Exploration et d’Évaluation Neuromusculaire (CEEN).

Dans le cadre de ses projets de recherche sur les pathologies musculaires, le laboratoire développe des modèles animaux pour l’imagerie fonctionnelle et l’évaluation de nouvelles approches thérapeutiques. L’assistant de laboratoire spécialisé interviendra sur l’ensemble du cycle expérimental, de la conception des modèles à la collecte et l’analyse des données.

Les missions principales 

➣ Modèles animaux et expérimentation in vivo

• Concevoir et gérer des modèles in vivo (souris principalement).
• Réaliser des tests fonctionnels (grip-test, rotarod, tapis roulant…).
• Participer aux acquisitions d’IRM in vivo.
• Collecter, tracer et analyser les données expérimentales.

➣ Support scientifique et veille

• Conseiller les équipes sur le choix et l’utilisation des modèles animaux.
• Assurer une veille scientifique et technologique sur les méthodes d’expérimentation.

➣ Gestion opérationnelle et conformité

• Participer à l’entretien et la gestion des équipements du plateau animalier.
• Appliquer les règles d’hygiène, de sécurité et de bien-être animal (expérimentation conforme à la réglementation en vigueur).

Profil 

• Bac+3 à Bac+5 en biologie, physiologie animale ou domaine connexe
• Expérience de 2 ans minimum en physiologie animale et expérimentation in vivo
• Bon niveau d’anglais (B2 minimum)

Compétences requises

➣ Savoir-Faire

• Gestion de modèles murins (niveau expert)
• Tests fonctionnels et imagerie in vivo
• Analyse et interprétation des données expérimentales
• Maîtrise des règles éthiques et réglementaires en expérimentation animale

➣ Savoir-Être

• Analyse, synthèse et structuration de l’information
• Travail en équipe et gestion de projet
• Sens de l’organisation, autonomie, capacité d’adaptation

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris 13e) et à pourvoir dès que possible en CDD d’usage de 24 mois.

 

Possibilité de bénéficier de chèques déjeuner et d’une mutuelle avec une prise en charge de l’employeur.

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV + lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

Télécharger l’annonce d’Assistant de laboratoire spécialisé en modèles animaliers (H/F)

L’Institut de Myologie

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble. Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

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Contexte et Finalité du poste

L’Association Institut de Myologie recrute un Ingénieur Conception Software pour rejoindre le laboratoire d’imagerie et de spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN), l’un des laboratoires du Centre d’Exploration et d’Évaluation Neuromusculaire (CEEN).

Ce poste s’inscrit dans un projet de développement d’un système automatisé de traitement des données IRM, avec des enjeux élevés de fiabilité, qualité et interopérabilité. L’ingénieur travaillera en étroite collaboration avec les chercheurs du laboratoire pour développer, valider, maintenir et documenter cet outil logiciel au service de la recherche biomédicale.

Les missions principales 

➣ Développement et maintenance du système logiciel IRM

• Concevoir, développer et maintenir un système de traitement automatisé des données IRM.
• Rédiger les spécifications techniques et utilisateurs.
• Garantir la robustesse, la performance et l’évolutivité du système.
  

➣ Qualité, documentation et intégration

• Intégrer les exigences de qualité : validation des résultats, journalisation, gestion des versions.
• Assurer la traçabilité et la sécurité des données de santé traitées (RGPD, confidentialité).
• Participer aux tests, à la documentation et à l’implémentation du système dans les projets du laboratoire.
• Collaborer avec les chercheurs pour l’analyse et l’interprétation des données.

Profil

• Diplôme d’ingénieur ou Master 2 en informatique ou équivalent
• Expérience dans un environnement scientifique ou biomédical est un atout.
• Bon niveau d’anglais (B2 minimum)

Compétences requises

➣ Savoir-Faire

• Développement logiciel (Python, bibliothèques scientifiques)
• Structuration du code, validation, maintenance
• Interfaces graphiques (Tkinter, PyQt), Git, Docker
• Bases de données, documentation technique
• Traitement d’image et données IRM : un plus

➣ Savoir-Être

• Analyse, synthèse et structuration de l’information
• Travail en équipe et gestion de projet
• Sens de l’organisation, autonomie, capacité d’adaptation

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris 13e) et à pourvoir dès que possible en CDD d’usage de 24 mois.

 

Possibilité de bénéficier de chèques déjeuner et d’une mutuelle avec une prise en charge de l’employeur.

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV + lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

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Situé à Paris au cœur du plus grand centre hospitalier européen, la Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la création de la Fondation de Myologie permettra de pérenniser et élargir les actions de l’Institut de Myologie.

Missions principales

Sous la responsabilité du Responsable RH, le Gestionnaire RH assurera la gestion administrative du service RH, y compris la préparation des éléments de paie, l’administration RH, l’intégration et la formation. Il secondera également le Responsable RH sur les recrutements.

À ce titre, vous aurez à :

Administration du personnel 

• Gérer les formalités d’embauche et de départ des salariés : contrats de travail, affiliation mutuelle.
• Accompagner l’accueil et l’intégration des personnels entrants.
• Administration du personnel : gérer les sujets liés à la mutuelle, prévoyance, médecine du travail, absences, mise à jour des dossiers du personnel.
• Procéder à l’archivage, classement et à la digitalisation des dossiers RH : éléments paies, dossiers du personnel, anciens dossiers du personnel, dossiers de recrutement, de formation, etc.
• Préparer les éléments variables de la paie mensuelle (absences, transports, tickets restaurants…).
• Répondre aux questions des salariés.

Participation aux missions des ressources humaines 

• Recrutement : rédiger, publier les annonces, faire le sourcing et trier des candidatures, gérer les relations écoles, mener les entretiens RH.
• Formation : faire le suivi administratif, les demandes de remboursement OPCO.
• Gestion de carrière : préparer et suivre les campagnes RH d’entretiens annuels, professionnels, mettre à jour les fiches de poste.
• IRP : préparer les documents pour les réunions du CSE, s’assurer du classement des éléments.
• Contribuer aux différents projets RH (digitalisation, QVCT, veille RH, process qualité).

Profil et compétences recherchés

Vous détenez un Bac +5 en RH ou sciences sociales et avez un minimum de 3 années d’expérience en autonomie sur un poste similaire. Une expérience dans le domaine scientifique ou médical est un plus.

➣ Savoir-Faire

• Maîtrise des systèmes de paie et des avantages sociaux.
• Polyvalence dans tous les domaines de la gestion des ressources humaines.
• Application du droit du travail et du règlement général sur la protection des
  données – RGPD.
• Connaissance des logiciels métier et maîtrise du Pack Office.

➣ Savoir-Être

• Sens de l’organisation, méthodique et rigoureux.
• Autonome avec un esprit d’analyse.
• Esprit d’équipe et bonne communication écrite et orale.
• Anglais oral et écrit (niveau A2).
• Curiosité, intérêt pour les nouvelles technologies et la sécurité des SI.

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière et à pourvoir dès que possible en CDI.

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV + lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

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L’Institut de Myologie

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble. Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

En savoir + : https://www.institut-myologie.org/qui-sommes-nous/

Contexte

Au sein du pôle Coordination, le Chargé des Services Généraux veille au bon fonctionnement de l’établissement à travers la gestion logistique, le suivi des prestataires, la maintenance des équipements, et l’organisation des espaces. Il joue un rôle central dans le soutien quotidien aux équipes et aux activités de l’Institut, en assurant la continuité des services généraux et la qualité des conditions de travail.

Missions

Sous la responsabilité du Responsable des Services Généraux, vous assurez le bon fonctionnement logistique, technique et matériel de l’établissement.
A ce titre vous aurez pour activités principales :

➣ Logistique et gestion des équipements 

• Gérer les stocks, consommables et fournitures (commande, réception, distribution)
• Organiser les réservations de salles et la logistique associée (réunions, auditorium)
• Participer à la facilitation logistique des événements en présentiel et à distance
• Assurer le suivi des inventaires et de l’identification du matériel
• Gérer les archives (envois, récupération avec le prestataire)

➣ Maintenance et suivi technique 

• Coordonner les prestations de nettoyage et d’entretien,
• Suivre les interventions techniques et accueillir les prestataires
• Réaliser de petites réparations et installations internes
• Participer à la gestion des systèmes de climatisation

➣ Aménagements et mobilité interne 

• Organiser les petits déménagements internes et être soutien logistique aux équipes

Profil et compétences recherchés

➣ Formation / Expérience

• Bac+2 (BTS Métiers des Services à l’Environnement de Travail, Électrotechnique ou équivalent)
• Expérience de 3 ans minimum sur un poste similaire

➣ Savoir-Faire

• Compétences en logistique, maintenance bâtimentaire et gestion de prestataires
• Connaissances de base en hygiène, sécurité, RGPD
• Utilisation de logiciels de gestion d’inventaire, de réservation et pack office

➣ Savoir-Être

• Sens de l’organisation, rigueur et réactivité
• Capacité à collaborer efficacement avec les équipes et les prestataires
• Autonomie, adaptabilité, sens du service

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière et à pourvoir dès que possible en CDI.

 

Possibilité Télétravail

 

Avantages divers : Titres Restaurant, RTT, prime mobilité, mutuelle…

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV+ lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org.

 

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PhD opportunity at the Nuclear Magnetic Resonance Laboratory at Institute of Myology.

Low Field MR-Fingerprinting for respiratory assessment

Keywords: Low-field MRI, sequence development, undersampled reconstruction and optimization, AI-based denoising, respiratory function.

➣ Context

Pulmonary and muscle tissues involved in the respiratory function can be affected in various diseases (COPD, neuromuscular diseases, CoViD…). Quantitative MRI has become a key tool for studying neuromuscular diseases(1), but it mainly focuses on static limb muscles. Imaging the lungs and respiratory muscles is challenging due to motion and low MR signal levels. Current diagnostic tools have limitations, such as low sensitivity or radiation exposure. In this context, having access to tissue composition (fat fraction, vascularization…) on top of functional measures would be of great interest but is particularly challenging.

This PhD project aims at exploring jointly quantitative MRI and low-field MRI. Quantitative MRI provides valuable biomarkers, but requires long acquisition, while low-field MRI offers better accessibility, improved contrast and reduced field inhomogeneities(2), making it ideal for thoracic imaging. Nevertheless, the reduced signal-to-noise ratio is still a challenge in low-field MRI.

➣ Framework

Magnetic Resonance Fingerprinting (MRF) is a new method(3) designed to overcome these challenges. By varying acquisition parameters, MRF generates a unique signal « fingerprint » for each tissue, enabling simultaneous extraction of multiple quantitative parameters through pattern recognition. Since MRF is less sensitive to noise, it is particularly promising for low-field MRI, potentially improving respiratory imaging(4). An MRF sequence(5), compensating the respiratory motion MoCo MRF T1-FF (6) has been designed and validated at the Institute of Myology for the characterization of muscle tissues by measuring 5 parameters simultaneously(7), on a 3T MRI (Siemens Healthineers). These developments will be the basis for a novel MRF sequence sensitive to additional parameters of interest (T2, water T2, vascularization) and adapted to the low-field constraints.

The validation on low field acquisitions will be done at the BioMaps laboratory, which recently acquired a 0.55 T MRI (Siemens Healthineers). To pave for the low SNR at 0.55 T, existing iterative reconstruction algorithms implemented at the Institute of Myology will be leveraged.

A 3D magnetic resonance spirometry sequence Spiro3D (8) was developed at the Biomaps laboratory providing a rich set of 3-dimensional parameters characterizing respiratory function and mechanics spatially. It was validated on healthy subjects and is currently being adapted to the 0.55 T scanner.

Both sequences are already running on clinical sites at 1.5T and 3T. The quantitative tissue measurements obtained by MRF will be compared against the functional measurements allowed by Spiro 3D on a small cohort of healthy subjects and patients.

➣ Objectives

The objective of this PhD project is to develop, optimize, and test 3D MR Fingerprinting techniques to quantify key parameters for the lungs and respiratory muscles. The PhD candidate will contribute to the following advancements:

• Development of MR Fingerprinting sequences sensitive to key respiratory parameters
• Optimization framework for MR Fingerprinting sequences under low-field constraints
  using digital twins
• Reconstruction of denoised 3D quantitative maps
• Validation of quantitative measurements against functional assessments in-vivo on healthy subjects and patients

➣ Environment

This PhD work will be split between the sites of BioMaps and Institute of Myology, in collaboration with Siemens Healthineers. It will be directed by Benjamin Marty (Co-head of the NMR laboratory, Institute of Myology), and co-supervised by Constantin Slioussarenko (Senior Researcher, Institute of Myology) and Angéline Nemeth (Associate Professor, Biomaps, Paris- Saclay University). The ongoing collaboration with Siemens on both sites will be leveraged, with a potential partnership on this specific project.

During the thesis, the PhD candidate will have access to two MRI systems installed inside the two laboratories: 0.55 T MRI (Biomaps) and 3T MRI (Institute of Myology). Collaborations are already planned with the thoracic radiology services of Raymond-Poincaré and Pitié- Salpêtrière AP-HP hospitals and their 1.5 T MRI.

The future PhD candidate will be in close interaction with current PhD candidates from the European V|LF-Spiro3D project led by BioMaps. This project brings together eleven partners (laboratories, hospitals, industrial companies) from four European countries for the development of 3D MRI lung function assessment. A collaboration with the AMT Center, University of Aberdeen, specialized in fingerprinting in very low-field MRI, is also being explored.

➣ Candidate Profile

• Engineering degree or Master’s (M2) specializing in applied mathematics, physics, medical imaging, or related fields.
• Excellent programming skills, particularly in Python. C++ programming experience is a plus.
• Ideally, experience in AI/ML (training/validation).
• Scientific curiosity, interest in experimentation.
• Strong proficiency in English (C1 level).

➣ Contact

Benjamin Marty: b.marty@institut-myologie.org
Angéline Nemeth: angeline.nemeth@universite-paris-saclay.fr
Constantin Slioussarenko: c.slioussarenko@institut-myologie.org

Bibliography

• (1)  Marty, B.; Baudin, P. Y.; Reyngoudt, H.; Azzabou, N.; Caldas de Almeida Araújo, E.; Carlier, P. G.; Loureiro de Sousa, P. Simultaneous Muscle Water T2 and Fat Fraction Mapping Using Transverse Relaxometry with Stimulated Echo Compensation. NMR Biomed. 2016, 29 (4), 431–443. https://doi.org/10.1002/nbm.3459.
• (2)  Sarracanie, M.; Salameh, N. Low-Field MRI: How Low Can We Go? A Fresh View on an Old Debate. Front. Phys. 2020, 8, 172. https://doi.org/10.3389/fphy.2020.00172.
• (3)  Ma, D.; Gulani, V.; Seiberlich, N.; Liu, K.; Sunshine, J. L.; Duerk, J. L.; Griswold, M. A. Magnetic Resonance Fingerprinting. Nature 2013, 495 (7440), 187–192. https://doi.org/10.1038/nature11971.
• (4)  Liu, Z.; Lugogo, N.; Agarwal, P.; Hamilton, J. Feasibility of Lung MR Fingerprinting at 0.55T Using a Deep Image Prior Reconstruction; Toronto, ON, Canada; p 2675. https://doi.org/10.58530/2024/2675.
• (5)  Slioussarenko, C.; Baudin, P.; Marty, B. A Steady‐state MR Fingerprinting Sequence Optimization Framework Applied to the Fast 3D Quantification of Fat Fraction and Water T1 in the Thigh Muscles. Magn. Reson. Med. 2025, mrm.30490. https://doi.org/10.1002/mrm.30490.
• (6)  Slioussarenko, C.; Baudin, P.-Y.; Lapert, M.; Marty, B. Upper-Body Free-Breathing Magnetic Resonance Fingerprinting Applied to the Quantification of Water T1 and Fat Fraction. arXiv September 24, 2024. http://arxiv.org/abs/2409.16200 (accessed 2024-09-25).
• (7)  Slioussarenko, C. Whole-Body Quantitative Imaging of the Skeletal Muscle by Magnetic Resonance Fingerprinting. Theses, Université Paris-Saclay, 2024. https://theses.hal.science/tel-04939151.
• (8)  Barrau, N. 3D MR Spirometry. Theses, Université Paris-Saclay, 2024. https://theses.hal.science/tel- 04663088.

Download the complete announcement of the PhD opportunity at the Nuclear Magnetic Resonance Laboratory at Institute of Myology : Low Field MR-Fingerprinting for respiratory assessment 

PhD opportunity at the Nuclear Magnetic Resonance Laboratory at Institute of Myology.

Development of real-time quantitative MRI for muscles involved in respiration, swallowing and eye movements

Keywords: Muscle MRI, real-time MRI, undersampled reconstruction, non-Cartesian MRI acquisition

➣ Context

Quantitative MRI (qMRI) is a well-established tool for the in vivo characterization and longitudinal monitoring of skeletal muscle pathology in neuromuscular diseases(1). It is increasingly used in clinical trials, particularly targeting appendicular muscles (limbs) through static imaging protocols such as T1-weighted, Dixon, and T2 mapping(2).

However, these conventional methods are limited in their ability to assess small, continuously active muscles involved in essential functions like respiration, swallowing, and eye movement—muscles that are often impaired in neuromuscular conditions and play a significant role in patient morbidity and mortality(3,4). These muscle groups remain underexplored due to challenges in imaging dynamic motion and achieving sufficient spatial resolution.

To address this gap, real-time MRI has emerged as a promising solution, enabling high- temporal-resolution imaging via rapid, undersampled acquisitions(5). Reconstruction techniques leverage either compressed sensing with temporal-spatial regularization(6) or deep learning approaches, which improve reconstruction fidelity and speed(7,8).

Originally applied in domains like cardiac cine imaging(9), real-time MRI offers a valuable platform for capturing the functional dynamics of non-limb muscles, with potential to deliver novel biomarkers for both disease progression and therapeutic efficacy assessment.

➣ Framework

A 3D radial MRI sequence (MoCo MRF T1-FF(10)) compatible with real-time imaging, along with its reconstruction pipeline, has been implemented at the NMR laboratory of the Institute of Myology and validated on a 3T MRI system (Siemens Healthineers). This development will serve as the foundation for a new real-time MRI sequence targeting respiratory muscles. In parallel, quantitative MRI protocols have been established to assess fat fraction and inflammation in both respiratory(10) and tongue muscles(11), enabling correlation between structural tissue biomarkers and functional metrics from real-time imaging. Additionally, in- house segmentation algorithms (museg-ai) could be adapted for dynamic tracking of muscles in motion. Functional assessments, such as tongue strength measurements, have been developed in collaboration with the laboratory of physiology and neuromuscular evaluation at the Institute of Myology, providing complementary data for validating MRI- derived functional biomarkers.

➣  Objectives

The objective of this thesis is to develop and optimize real-time MRI techniques in the context of quantitative imaging of dynamic skeletal muscles. The doctoral candidate will contribute to the following advancements:

• Real-time imaging and tracking of dynamic processes: Optimize acquisition sequences to capture and analyze the dynamics of muscles involved in respiration, swallowing, and eye movements.
• Optimization of 3D reconstructions: Advanced iterative reconstruction algorithms taking into account motion.
• Adaptation of segmentation algorithms for dynamic tracking of moving structures
• Development of functional biomarkers: Identify and quantify new biomarkers describing these processes to improve the characterization of functional alterations related to neuromuscular pathologies.
  

➣  Environment

This PhD work will be carried at the Institute of Myology. It will be directed by Benjamin Marty (Co-head of the NMR laboratory, Institute of Myology), and co-supervised by Constantin Slioussarenko (Senior Researcher, Institute of Myology). The ongoing collaboration with Siemens Healthineers will be leveraged, with one on-site clinical scientist.

During the thesis, the PhD candidate will have access to the 3T MRI system (PrismaFit Siemens Healthineers) installed at Institute of Myology. Existing collaborations with the radiology services of Raymond-Poincaré and Pitié-Salpêtrière AP-HP hospitals and their 1.5 T MRI could be leveraged as well for clinical applications. Biomechanical modelling with inputs from specialist laboratories are potential routes of investigation for developing biomarkers linked to the physiology.

The future PhD candidate will be in close interaction with current PhD candidates at Institute of Myology working on quantitative MRI and deep-learning muscles segmentation.

The funding for this PhD project is derived from the GenoTher biocluster project, part of the French Innovation Santé 2030 plan.

➣ CandidateProfile

• Engineering degree or Master’s (M2) specializing in applied mathematics, physics, medical imaging, or related fields.
• Excellent programming skills, particularly in Python. C++ programming experience is a plus.
• Ideally, experience in AI/ML (training/validation).
• Scientific curiosity, interest in experimentation.
• Strong proficiency in English (C1 level).

➣ Contact

Benjamin Marty: b.marty@institut-myologie.org
Constantin Slioussarenko: c.slioussarenko@institut-myologie.org

Bibliography

• (1)  Marty, B.; Baudin, P. Y.; Reyngoudt, H.; Azzabou, N.; Caldas de Almeida Araújo, E.; Carlier, P. G.; Loureiro de Sousa, P. Simultaneous Muscle Water T2 and Fat Fraction Mapping Using Transverse Relaxometry with Stimulated Echo Compensation. NMR Biomed. 2016, 29 (4), 431–443. https://doi.org/10.1002/nbm.3459.
• (2)  Carlier, P. G.; Marty, B.; Scheidegger, O.; Loureiro de Sousa, P.; Baudin, P.-Y.; Snezhko, E.; Vlodavets, D. Skeletal Muscle Quantitative Nuclear Magnetic Resonance Imaging and Spectroscopy as an Outcome Measure for Clinical Trials. J. Neuromuscul. Dis. 2016, 3 (1), 1–28. https://doi.org/10.3233/JND-160145.
• (3)  Bourke, S. C. Respiratory Involvement in Neuromuscular Disease. Clin. Med. 2014, 14 (1), 72–75. https://doi.org/10.7861/clinmedicine.14-1-72.
• (4)  Argov, Z.; De Visser, M. Dysphagia in Adult Myopathies. Neuromuscul. Disord. 2021, 31 (1), 5–20. https://doi.org/10.1016/j.nmd.2020.11.001.
• (5)  Uecker, M.; Zhang, S.; Voit, D.; Karaus, A.; Merboldt, K.; Frahm, J. Real‐time MRI at a Resolution of 20 Ms. NMR Biomed. 2010, 23 (8), 986–994. https://doi.org/10.1002/nbm.1585.
• (6)  Feng, L.; Axel, L.; Chandarana, H.; Block, K. T.; Sodickson, D. K.; Otazo, R. XD-GRASP: Golden-Angle Radial MRI with Reconstruction of Extra Motion-State Dimensions Using Compressed Sensing. Magn. Reson. Med. 2016, 75 (2), 775–788. https://doi.org/10.1002/mrm.25665.
• (7)  He, Z.; Zhu, Y.-N.; Chen, Y.; Chen, Y.; He, Y.; Sun, Y.; Wang, T.; Zhang, C.; Sun, B.; Yan, F.; Zhang, X.; Sun, Q.-F.; Yang, G.-Z.; Feng, Y. A Deep Unrolled Neural Network for Real-Time MRI-Guided Brain Intervention. Nat. Commun. 2023, 14 (1), 8257. https://doi.org/10.1038/s41467-023-43966-w.
• (8)  Ahmad, R.; Bouman, C. A.; Buzzard, G. T.; Chan, S.; Liu, S.; Reehorst, E. T.; Schniter, P. Plug-and-Play Methods for Magnetic Resonance Imaging: Using Denoisers for Image Recovery. IEEE Signal Process. Mag. 2020, 37 (1), 105–116. https://doi.org/10.1109/MSP.2019.2949470.
• (9)  Longère, B.; Abassebay, N.; Gkizas, C.; Hennicaux, J.; Simeone, A.; Rodriguez Musso, A.; Carpentier, P.; Coisne, A.; Pang, J.; Schmidt, M.; Toupin, S.; Montaigne, D.; Pontana, F. A New Compressed Sensing Cine Cardiac MRI Sequence with Free-Breathing Real-Time Acquisition and Fully Automated Motion-Correction: A Comprehensive Evaluation. Diagn. Interv. Imaging 2023, 104 (11), 538–546. https://doi.org/10.1016/j.diii.2023.06.005.
• (10)  Slioussarenko, C.; Baudin, P.-Y.; Lapert, M.; Marty, B. Upper-Body Free-Breathing Magnetic Resonance Fingerprinting Applied to the Quantification of Water T1 and Fat Fraction. arXiv September 24, 2024. http://arxiv.org/abs/2409.16200 (accessed 2024-09-25).
• (11)  Vermeulen, E.; Baudin, P.-Y.; Lapert, M.; Marty, B. Quantitative Assessment of Tongue Tissue Structure with 3D Partially Spoiled Gradient Echo; Toronto, ON, Canada; p 0902. https://doi.org/10.58530/2024/0902.

Download the complete announcement of the PhD opportunity at the Nuclear Magnetic Resonance Laboratory at Institute of Myology: Development of real-time quantitative MRI for muscles involved in respiration, swallowing and eye movements

ENTRY-DM: MSCA Doctoral network
Interdisciplinary doctoral training on oligonucleotide-based therapies for myotonic dystrophy

Two PhD positions are available from September 2025, in the laboratory Repeat Expansions and Myotonic Dystrophy, at the Myology Research Centre / Institute of Myology in Paris, France. The project is funded by a MSCA Doctoral network, coordinated by Mario Gomes-Pereira.

• NETWORK DESCRIPTION

ENTRY-DM is an interdisciplinary training and research programme focused on RNA-based therapeutics for myotonic dystrophy (DM). It offers 14 fully funded positions across top European institutions, integrating fundamental science, translational medicine, and clinical applications. The network integrates academic leaders, biotech experts, and patient advocates to develop disease models, optimise antisense oligonucleotide (ASO) therapies, and identify clinical biomarkers. Doctoral candidates will receive advanced training in genomics, bioinformatics, stem cell research, bioengineering, and neuropsychology. With host institutions in France, Spain, Italy, the Netherlands, Germany, and Poland, ENTRY-DM provides exceptional mobility, cross-sector training, and world-class supervision. It will equip doctoral candidates with the expertise to drive future breakthroughs in RNA therapeutics for rare disease treatment.

• PROJECT 1: Development of circulating muscle-specific biomarkers of myotonic dystrophy

This project aims to identify circulating biomarkers of DM1 muscle disease severity and treatment response by analysing extracellular vesicles in blood. Using DM1 cell models (human and mouse-derived) and isogenic controls, transcriptomic and proteomic analyses will be conducted to detect muscle-specific biomarkers. These will be validated in patient blood samples and assessed for responsiveness to various gene therapeutic approaches.

Supervisors: Genevieve Gourdon (genevieve.gourdon@inserm.fr); Denis Furling (denis.furling@sorbonne-universite.fr)

• PROJECT 2: Circulating biomarkers of brain dysfunction in myotonic dystrophy type 1

This project aims to identify brain-specific biomarkers to monitor disease progression and therapeutic response in DM1. The study will focus on the analysis of the secreted proteome, transcriptome and metabolome of neurons and astrocytes to reveal disrupted neuroglial interations and uncover candidate biomarkers of brain disease. Finally, we will evaluate how the neuronal and glial secretome responds to therapeutic interventions, ASOs and RNA-binding protein decoys, to support the development of future clinical monitoring tools.

Supervisor: Mario Gomes-Pereira (mario.pereira@inserm.fr)

• CANDIDATES PROFILE

We are looking for highly motivated and ambitious doctoral candidates, with a strong knowledge in molecular and cellular biology. A keen interest in muscle physiology or neurobiology, RNA-based therapeutics and biomarker discovery is essential. Applicants must hold an MSc degree in Life Sciences, Biomedical Sciences, or in a related field. Practical experience in molecular biology techniques (such as PCR, RT- PCR) and cell culture is required. The applicant must have not resided in France for more than 12 months in the 3 years immediately prior to recruitment.

Starting Date: September 2025

Application deadline: 30 May 2025

FOR FURTHER DETAILS, FULL ELIGIBILITY CRITERIA AND HOW TO APPLY:

👉 Project 1: https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/324426

👉 Project 2: https://euraxess.ec.europa.eu/jobs/324434 

 

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L’Institut de Myologie

Situé à Paris, au cœur du plus grand centre hospitalier européen, l’hôpital Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM-Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble. Aujourd’hui, l’Institut de Myologie, c’est 300 experts du muscle et de ses maladies, 34 000 dossiers de patients depuis l’origine, plus de 6000 consultations annuelles, un centre de recherche en myologie…

En savoir + : https://www.institut-myologie.org/qui-sommes-nous/

Contexte et Finalité du poste

Le laboratoire d’histopathologie, intégré au Centre d’Exploration et d’Évaluation Neuromusculaire (CEEN), joue un rôle clé dans l’identification et la caractérisation des maladies neuromusculaires d’origine génétique, chez l’enfant et l’adulte. Il est reconnu pour son expertise en analyse des biopsies musculaires humaines et la maîtrise des techniques morphologiques avancées.

En collaboration avec les autres laboratoires du CEEN et les équipes de l’Institut de Myologie, il contribue à la recherche musculaire et accompagne partenaires industriels et académiques dans le cadre d’essais cliniques et de projets scientifiques.

Dans ce contexte, le technicien de laboratoire participera aux diagnostics et aux projets de recherche, en réalisant des techniques variées en histopathologie et en contribuant au développement de nouvelles approches méthodologiques.

Les missions principales 

➣ Participation à l’activité de diagnostic

• Prendre en charge les biopsies musculaires des patients, du prélèvement à la lecture pour diagnostic : congélation, coupe au cryostat, histoenzymologie, immunomarquage, immunofluorescence…
• Assurer l’enregistrement administratif des prélèvements et des données patients (résultats, consentements, etc.).
• Effectuer le scan des lames selon la procédure en vigueur.

➣ Participation aux projets de recherche

• Réaliser les techniques définies dans les protocoles de recherche (mesures, analyses, dosages…).
• Contribuer à l’analyse et à la synthèse des résultats en lien avec l’équipe scientifique.
• Participer à la mise en place de nouvelles technologies (SGI, transcriptomique spatiale…).
• Vérifier la qualité, la reproductibilité et la traçabilité des données saisies.
• Rédiger des comptes-rendus d’analyses scientifiques et technologiques et présenter des résultats en réunion interne.

➣ Fonctionnement du laboratoire et exigences réglementaires

• Appliquer les règles de protection et stockage des données et prélèvements.
• Gérer les stocks de consommables et d’appareillage.
• Maintenir l’ordre et la propreté du laboratoire, assurer la vérification du matériel et la conformité des protocoles.
• Contribuer à la rédaction et optimisation des documents qualité.

Profil

• Bac+2/3 en Biologie ou Techniques de laboratoire.
• Minimum de 2 années d’expérience en qualité de technicien de laboratoire, en histopathologie serait un plus

Compétences requises  

➣ Savoir-Faire

• Maîtrise des techniques d’histopathologie et de microscopie (cryostat, histoenzymologie, immunohistochimie, immunofluorescence…).
• Connaissance des bonnes pratiques de laboratoire et des réglementations en matière d’hygiène et sécurité (RGPD, bioéthique).
• Compétences en analyse de données biologiques et utilisation des logiciels spécifiques (pack Office, SGL, SGI).

➣ Savoir-Être

• Bonne communication écrite et orale.
• Capacité d’analyse et de synthèse.
• Rigueur, autonomie et sens de l’organisation.
• Anglais niveau B2 (lecture et rédaction de documents techniques).

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière (Paris 13e) et à pourvoir dès que possible en CDD d’un an.

 

Possibilité de bénéficier de chèques déjeuner et d’une mutuelle avec une prise en charge de l’employeur.

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV+ lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

Télécharger l’annonce de Technicien de laboratoire (H/F)

L’Institut de Myologie 

Situé à Paris au cœur du plus grand centre hospitalier européen, la Pitié-Salpêtrière, l’Institut de Myologie est né en 1996 sous l’impulsion d’une association de malades et parents de malades, l’AFM- Téléthon. Son objectif : favoriser l’existence, la reconnaissance et l’essor de la myologie en tant que discipline clinique et scientifique à part entière. L’Institut de Myologie coordonne, autour du malade, la prise en charge médicale, la recherche fondamentale, la recherche appliquée, la recherche clinique et l’enseignement. Demain, la Fondation de Myologie, en cours de création, permettra de pérenniser et d’élargir les actions de l’Institut de Myologie. L’Association Institut de Myologie, association de statut loi 1901, a été créée en 2005 par l’AFM-Téléthon comme structure support de cet ensemble.

Missions principales 

Sous la responsabilité de la Directrice Juridique et Business Development, le/la Juriste assistera la Direction juridique dans le suivi et la mise en œuvre des dossiers juridiques de l’AIM principalement RGPD Contribuer à la mise en place des actions internes et à l’amélioration des procédures permettant d’assurer la conformité de l’Association en matière de données personnelles.

A ce titre, vous aurez à :

• Conseiller et accompagner les équipes sur les nouveaux projets impliquant un traitement de données personnelles
• Participer à la négociation des aspects données personnelles des contrats conclus avec les partenaires et prestataires de l’Association
• Participer à l’élaboration de la documentation de l’AIM dans le cadre de la mise en œuvre du RGPD (études d’impact en matière de vie privée…)
• Rédiger et négocier des contrats de R&D sous la supervision de la responsable juridique
• Assurer une veille réglementaire et législative sur les domaines d’activités de l’Association et élaborer des notes de synthèse
• Contribuer ainsi à la sécurisation juridique des activités de l’AIM

Profil et compétences recherchés

• Vous détenez une formation juridique supérieure (Master II) dans les domaines suivants : droit des données personnelles, droit de la santé, droit des contrats
• Une bonne connaissance du domaine de la recherche clinique serait un plus
• Vous avez une expérience de 5 ans sur un poste similaire

Savoir-faire & compétences attendus 

• Maîtrise du vocabulaire juridique
• Maîtriser les bases de recherche juridique
• Très bonne maîtrise de l’anglais tant à l’écrit qu’à l’oral
• Maitrise du Pack Office

Qualités requises

• Capacité rédactionnelle
• Esprit d’analyse et de synthèse
• Rigueur et sens de l’organisation
• Capacité à travailler en transversal et en équipe
• Discrétion et confidentialité
• Etre rigoureux et avoir le goût pour l’investigation et la veille
• Réactivité

Poste basé à l’Hôpital Pitié-Salpêtrière et à pourvoir dès que possible en CDI. Possibilité de faire du Télétravail.

 

Merci d’adresser par courrier électronique votre dossier de candidature (CV+ lettre de motivation) à l’adresse suivante : recrutement-aim@institut-myologie.org

 

Télécharger l’annonce de Juriste Protection des données (RGPD)  (H/F)