MyoData

Responsable : Maxime Jacoupy

La plateforme MyoData rassemble une équipe pluridisciplinaire ayant pour socle commun l’expertise en matière de Data. Elle fournit aux chercheurs et aux cliniciens de l’institut un soutien structurel et une expertise en matière de traitement, d’intégration et d’analyse de données, de la conception de l’étude à l’interprétation des données.

Quatre domaines clés délimitent le champ d’intervention de MyoData la gestion technique des données, la gestion de projet axée sur les données, la bio-informatique et la biostatistique.

A plus long terme, la plateforme a pour objectif de fournir des solutions intégrant l’Intelligence Artificielle et de proposer des services de gestion des données cliniques.

 

Composition de l’équipe

Maxime Jacoupy, PhD, Responsable de la plateforme
Nathalie Peillod, MS, Cheffe de projet data, Data Manager Clinique
Maria Kondili, MSc, Bioinformaticienne
Natalia Pinzon, PhD, Bioinformaticienne
Frédéric Fer, MS, Biostatisticien 

Contact : myodata@institut-myologie.org

 

Expertises

Data management 

Gestion et organisation des données

  • Élaboration de stratégies de gestion des données
  • Création et maintenance de bases de données structurées
  • Gestion des métadonnées pour garantir la traçabilité et la compréhension des données

Sécurité, qualité et conformité des données

  • Mise en place de politiques et de procédures de sécurité pour protéger les données
  • Contrôle de la qualité et de l’intégrité des données pour garantir leur exactitude
  • Respect des réglementations en matière de protection des données et de confidentialité

Support technique et gestion des infrastructures

  • Administration et maintenance des infrastructures informatiques et des systèmes de gestion de données
  • Assistance technique aux chercheurs et aux autres membres de l’équipe data
  • Optimisation des processus et des outils de gestion des données

 

Bio-informatique

Analyse des données OMIQUES

  • Analyse de données haut débit issues de technologies OMIQUES telles que la génomique, la transcriptomique, la protéomique, l’épigénomique, etc.
  • Utilisation de logiciels et de méthodes d’analyse statistique pour identifier les modèles, les tendances et les associations significatives
  • Interprétation des résultats et contribution à la compréhension biologique des processus étudiés

Développement d’outils et de ressources bio-informatiques

  • Développement de pipelines et de workflows d’analyse de données OMIQUES pour optimiser la reproductibilité, l’efficacité et la qualité de l’analyse de données
  • Création de bases de données et de ressources bio-informatiques pour faciliter la réutilisation et le partage des données et des résultats
  • Veille technologique et développement d’outils innovants pour répondre aux besoins spécifiques des projets de recherche cliniques et de biologie fondamentale

Collaboration et soutien aux chercheurs

  • Collaboration étroite avec les chercheurs pour comprendre leurs besoins en matière de bio-informatique et proposer des solutions adaptées
  • Formation des utilisateurs aux logiciels et aux méthodes d’analyse bio-informatique
  • Assistance technique et scientifique aux chercheurs pour l’interprétation des résultats et la rédaction de rapports scientifiques
  • Participation à la rédaction des articles/publications scientifiques comprenant des analyses informatiques. 

 

Biostatistique

Conception et planification des études

  • Élaboration des plans d’étude et des stratégies d’analyse statistique.
  • Soutien à la formulation des protocoles d’études, accompagné de conseils avisés pour la sélection des échantillons et la définition des paramètres d’analyse.
  • Traitement et analyse des données brutes en utilisant des techniques statistiques avancées.

Analyse et interprétation des données

  • Mise en œuvre de stratégies innovantes d’analyse de données et élaboration de plans d’études
  • Décryptage minutieux des résultats, détection des tendances émergentes et identification des schémas significatifs.
  • Accompagnement dans la mise en forme des résultats pour les rapports d’études, les publications et les communications scientifiques.

Communication et collaboration

  • Collaboration étroite avec les chercheurs et les autres membres de l’équipe data pour identifier et répondre efficacement aux besoins en analyse de données.
  • Communication régulière et transparente des résultats et des conclusions statistiques aux parties prenantes des projets.
  • Mise en place d’une veille technologique et de formation interne régulière en matière de statistiques et d’analyse de données.
  • Gestion des partenaires extérieurs potentiels concernant l’analyse de données.

 

Gestion de projet data 

Planification et organisation des projets

  • Établissement d’objectifs clairs et de calendriers pour les projets data
  • Allocation des ressources et définition des rôles et responsabilités
  • Suivi de l’avancement et ajustement des plans de projet en fonction des besoins

Coordination et communication

  • Collaboration étroite avec les chercheurs, les équipes techniques et les partenaires externes
  • Résolution des problèmes et prise de décision en collaboration avec les parties prenantes
  • Communication régulière sur l’état d’avancement et les résultats des projets data

Design d’eCRF (electronic Case Report Form)

  • Conception et développement de formulaires électroniques pour la collecte de données dans les études cliniques
  • Veiller à ce que les eCRF respectent les normes réglementaires et les bonnes pratiques cliniques
  • Formation des utilisateurs et support technique pour les eCRF

 

Stack technique 

  • Langages de programmation et environnements de développement : Python ; R ; Jupyter Lab ; MATLAB ; Bash
  • Bases de données et langage de requête : SQL
  • Outils d’analyse statistique : SAS ; SPSS ; Prism GraphPad
  • Gestion de versions et collaboration : Git
  • Plateformes et services cloud : Microsoft Azure ; AWS
  • Outils de gestion de données cliniques et de recherche : CleanWeb ; REDCap
  • Outils de workflow et d’orchestration : Nextflow

 

Le projet MyoData Hub 

MyoData Hub est un projet d’entrepôt de données de santé (EDS) dédié aux données sur les muscles, qui sera réalisé en conformité avec les attentes de la CNIL. En plus d’améliorer la sécurité et l’accessibilité aux données, le Hub permettra de faciliter la recherche, le diagnostic et les soins des patients. Cette plateforme centralisera l’ensemble des données de santé collectées par l’Institut de Myologie, et grâce à sa compatibilité avec d’autres sources de données, pourra réaliser des analyses variées en utilisant des outils avancés et l’expertise de collaborateurs externes. Il permettra également d’assurer la conformité des pratiques de sécurité et de qualité des données, en respectant les réglementations en matière de protection des données et de confidentialité. MyoData Hub rendra ainsi la gestion des données musculaires plus sécurisée, organisée et efficace, favorisant ainsi une meilleure prise en charge des patients et le progrès de la recherche. 

 

Regards croisés sur ce projet : vision du Dr Vincent Varlet (Secrétaire général de l’Institut de Myologie, Médecin urgentiste) et du Dr Teresinha Evangelista (Neurologue et Histopathologiste à l’Institut de Myologie).

Cette vidéo est issue du site Ambition Fondation de Myologie.