Dans l’amyotrophie spinale proximale liée à SMN1 (SMA), près de 95% des personnes qui en sont atteintes présenteraient une perte homozygote de SMN1 (aucune copie du gène SMN1). Environ 5% présenteraient une perte hétérozygote de SMN1 (absence du gène SMN1 sur l’un des chromosomes et variant génétique sur l’autre).
Parmi les méthodes les plus utilisées pour effectuer le diagnostic génétique de la SMA figurent la méthode Sanger pour déterminer les variants de SMN1, ainsi que la PCR quantitative et la MLPA pour déterminer le nombre de copies du gène SMN1 et du gène SMN2, un gène dont la séquence est quasi-identique à celle de SMN1 mais qui ne permet pas la production de protéine SMN en quantité suffisante. Depuis quelques années, les techniques de séquençage de nouvelle génération (NGS) sont devenues un outil de diagnostic de plus en plus utilisé pour séquencer simultanément un panel de gènes, l’exome ou encore le génome entier. Cependant, l’analyse des gènes SMN1 et SMN2 n’a pas encore été complètement intégrer à ces techniques.
Intégrer les gènes SMN1 et SMN2 aux NGS ?
Une équipe américaine a cherché à savoir si les NGS pourraient, en un seul test, être utilisées pour le diagnostic de la SMA. Elle a ainsi intégré l’analyse des gènes SMN1 et SMN2 à un panel de 122 gènes en lien avec une dystrophie musculaire, une myopathie ou un syndrome myasthénique congénital. Ce panel a été testé auprès de 5304 échantillons de sang de personnes avec une suspicion de maladie neuromusculaire entre mars 2017 et mai 2019 et de 68 échantillons de personnes atteintes de SMA. Les résultats publiés en juillet 2020 montrent qu’à partir des 5304 échantillons, les NGS ont permis de détecter :
- une perte homozygote de SMN1 chez 47 patients (d’âge moyen de 14 ans) dont les principaux symptômes sont une faiblesse musculaire, des symptômes suggérant une SMA et une hypotonie,
- une perte hétérozygote de SMN1 chez 118 patients,
- un variant pathogénique dans un autre gène chez 44 patients,
- un variant indéterminé dans le gène SMN1 ou SMN2 chez 8 patients.
La comparaison des résultats obtenus avec les NGS des 68 échantillons de SMA et à ceux obtenus avec les techniques standard de diagnostic moléculaire de la SMA a mis en évidence une concordance : - avec la PCR quantitative de 100% pour ce qui concerne le nombre de copies du gène SMN1 et de 93% pour le nombre de copie du gène SMN2
- de 100% avec la MLPA dans les 2 cas.
Ces résultats montrent qu’il est possible et utile d’inclure les gènes SMN1 et SMN2 à un panel de gènes pour réaliser le diagnostic par NGS de SMA.
